Eine Liga-Saison läuft ganze sieben Tage lang. Insgesamt gibt es zehn unterschiedliche Ligen, gestaffelt in Bronze, Silber und Gold (jeweils 3-2-1), sowie die begehrte Champions-Liga. Für eine Liga melden sich Spieler kostenfrei an und starten innerhalb der Einsteiger-Liga Bronze 3. Das System sucht automatisch nach möglichen Gegnern im vergleichbaren Ligabereich und schlägt den Helden drei mögliche Angriffsziele vor.

In jeder einzelnen Liga kämpfen Superhelden in verschiedenen Divisionen, welche jeweils Platz für 100 Spieler bieten, gegen Mitstreiter, um so an möglichst zahlreiche Ligapunkte zu gelangen. Ist ein Kampf gewonnen, gibt es eine gewisse Anzahl an Wertungspunkten, die dem Gegner genommen und auf das eigene Konto gutgeschrieben werden. Ist hingegen ein Kampf verloren, erhält der jeweilige Gegner entsprechend eine gewisse Anzahl der eigenen gesammelten Wertungspunkte.

Kostenfreie Angriffe stehen stündlich bereit. In einer Liga profitieren Spieler von Boni auf ihre Grundfähigkeiten, sowie von erhöhten Münzbelohnungen. Das Ligasystem bringt mehr Abwechslung und Spannung in den PvP-Aspekt von Hero Zero - sowohl für niedrigstufige, als auch für hochstufige Spieler.