Die 3. Nanofights-Edition führt die Storyline des im August 2011 gelaunchten Free-2-Play-Browergames lückenlos fort: Im Jahr 780 nach der Gründung der United Civilized Worlds herrscht im Universum Krieg. Vier Fraktionen kämpfen um die Vorherrschaft über die Galaxie: die Streitmacht der „United Civilized World (UCW)“, die übermenschlichen Mutanten der „Outlaws“, die Cyborgs der „Mechanoiden“ und die Alienrasse der „Skarl“. Trotz andauernder Gefechte sind die Fronten verhärtet – ein intergalaktischer Grabenkrieg. Die 101 neuen „Klärung der Fronten“-Karten können den Spielern die entscheidenden Vorteile in dieser epischen Schlacht liefern: „Als eine wesentliche Neuerung dienen mehrfarbige Karten (Multicolor), die verschiedene Basen benötigen. Dazu kommen neutrale Karten, die mit jeder Basis und somit jedem Deck spielbar sind. Daneben gibt es eine Reihe neuer Fähigkeiten, die unter anderem das Balancing verbessern. Die Auswirkungen von Massenvernichtern, Sporenbomben, Drohnenstürmen und zum Teil die direkten schadensverursachenden Raketen, werden leicht abgeschwächt“, erklärt Frank Weigelt, Community Manager von Nanofights.

Neben den allgemeinen Spiel-Optimierungen bringt die 3. Edition auch neue Designs mit sich. Die bisherigen Mechanoiden-Karten werden fortan eine gelbe Farbe tragen, damit sie im Gefecht besser zu erkennen sind. Neutrale Karten werden indes das ursprüngliche Grau der Mechanoiden und in dieser Edition erstmals enthaltene mehrfarbige Karten eine violette Färbung tragen. Im Vorfeld der Veröffentlichung wird ein weiterer Server exklusiv für die Beta eingerichtet werden. Auf diesem Server können Spieler die neuen Karten testen und werden wieder Belohnungen für die Teilnahme an der Beta zur 3. Edition erhalten.