Einerseits können die Spieler von My Free Zoo eine eigene Zoo-Organisation ins Leben rufen, die sie dann als Gründer leiten. Andererseits können sie sich bestehenden Organisationen anschließen und diese unterstützen. Gemeinsam mit allen anderen Mitgliedern solch einer Vereinigung erschaffen die Spieler riesige Reservate mit hunderten Tieren. So locken sie Besucher an, steigern den Ruf ihrer Vereinigung und erklimmen dadurch die Rangliste der angesehensten Organisationen von My Free Zoo.

Durch einen starken Zusammenhalt in der Gruppe werden Spendenziele erreicht, die vom Leiter einer Organisation festgelegt werden. Diese Erfolge bescheren jedem einzelnen Mitglied einen wertvollen Bonus bei der Sammlung von Erfahrungspunkten im eigenen Zoo. Damit wird jede Aktion zeitweise mit deutlich mehr Erfahrungspunkten belohnt und ein schnellerer Spielfortschritt ermöglicht.