Tanki Online verfügt über neun verschiedene Waffentypen, die jeweils durch vier verschiedene Modifikationen (M0 - M1 - M2 - M3) verbessert werden können. Die jeweils folgende Modifikation wird freigeschaltet, sobald der Spieler den hierfür benötigten Militärrang erreicht hat. Es ist somit nicht möglich, bereits zum Start einer Waffe sämtliche Modifikationen hinzuzufügen. Weiterhin stehen dem Spieler Mikroverbesserungen (MVs) zur Verfügung, mit denen bestimmte Waffenparameter vorzeitig gesteigert werden können. Erste Verbesserungsschritte sind günstig und lassen sich schnell implementieren. Sie sind für sämtliche Militärränge verfügbar und geben dem Spieler einen unmittelbaren Vorteil während der Matches.

Neue Waffen mit ihren jeweiligen Modifikationen werden mit der Vertiefung in Tanki Online und dem Fortschritt unter Nutzung der zur Verfügung stehenden, kreativen Waffensysteme freigeschaltet. Jedes Geschütz verfügt über einzigartige Eigenschaften und Reichweiten. Es ist daher wichtig, das richtige Waffensystem abgestimmt auf das jeweilige Kartenumfeld, den eigenen Spielstil und die Waffenauswahl der eigenen Team-Mitglieder auszuwählen, bevor man ein Match beginnt.

Das Tutorial zu Tanki Online gibt dem Spieler bereits einen Ausblick auf die Waffensysteme, die er im Laufe des Spiels freischalten kann. Zu Beginn verfügen neue Spieler jedoch nur über eine Waffenturmart: das mittelkalibrige Geschütz „Smoky“.

Mit Spielfortschritt werden weitere, kreative Waffen mit ungeahnter Zerstörungskraft freigeschaltet. So zum Beispiel „Isida“, ein auf Nanotechnologie basierendes Geschütz, das bei einem Treffer die Panzerung des Gegners schädigt und gleichzeitig das eigene Fahrzeug repariert. Das Geschütz „Ricochet“ schießt mit „Minus”-Feldern umgebene Plasmageschosse ab, die von Oberflächen abprallen und so über gut gezielte Schüsse auch Gegner außerhalb des eigenen Sichtfeldes treffen können. Das Geschütz „Freeze“, ein „Kältewerfer“, verlangsamt die Manövrierfähigkeit des Gegners, während „Twins“, eine doppelläufige Plasmawaffe, die Feinde in Sekundenschnelle dank Schnellfeuermodus in geschmolzene Eisenhaufen verwandelt.

Das komplette Arsenal von Tanki Online beinhaltet folgende Waffen:

• Smoky - Basis-Allzweckgeschütz, das durch jedes Upgrade maßgeblich verbessert wird - die beste Option für risikofreundliche Spieler, die mit einem einzelnen Schuss kritischen Schaden oder direkte Abschüsse erzielen möchten.
• Schaft - ein Sniper-Geschütz für Angriffe aus größerer Entfernung
• Firebird - ein Flammenwerfer, der auf kurzer Distanz massiven Schaden verursacht - brennende Fahrzeuge erhalten zusätzlich über Zeit weiteren Schaden
• Railgun - eine durchschlagskräftige Waffe, die angereicherte Urangeschosse verschießt - äußerst effektiv, jedoch mit langen Nachladezeiten verbunden
• Donner - Waffenturm, der dank Flächenschaden mehrere Gegner gleichzeitig beschädigen kann
• Isida - verschießt Nanomasse, die gegnerische Panzerungen beschädigt, Team-Mitglieder repariert und gleichzeitig die eigene Panzerung regeneriert - essentiell für Team-Matches
• Twins - doppelläufige Plasmawaffe mit Schnellfeuermodus und ohne Nachladezeiten - ideal für mittlere Distanzen
• Ricochet - Schüsse prallen von Oberflächen ab und können so Gegnern außerhalb des eigenen Blickfeldes erheblichen Schaden zufügen
• Freeze - ein Gefrierstrahl auf Freon-Basis fügt Gegnern Schaden zu und verlangsamt sie