Wie in der Brettspielvorlage kommt es auch online auf die Kooperation der Spieler an, um gemeinsam als Agenten in vielfältigen Missionen das Phantom Mister X und sein Verbrecher-Syndikat zu jagen. Dafür schlüpfen die Spieler in die Rollen von Spezial-Agenten, welche im Auftrag der „Agency“ große Metropolen bereisen, um dort geheime Aufträge zu erfüllen. Spieler können dabei allein oder im Zusammenschluss mit Freunden als Spezialeinheit agieren. Neben den bekannten Elementen des Brettspiels warten zusätzlich komplett neue Spieloptionen auf die Spieler. Neben neuen Hightech-Items kann der Spieler eine große Auswahl verschiedenster Fortbewegungsmittel nutzen. Der eigene Spielcharakter kann im Online-Spiel aus drei unterschiedlichen Klassen gewählt werden. Je nachdem ob sich der Spieler für einen besonders kräftigen, hochintelligenten oder technisch-versierten Charakter entscheidet, hat diese Wahl Einfluss auf den weiteren Spielverlauf. Gesammelte Erfahrungspunkte können zudem verwendet werden, um die Fähigkeiten des eigenen Spielcharakters zu verbessern. Nicht nur die Charaktere sondern auch die Stadt entwickelt sich dynamisch. Die Gebiete der Stadtkarte sind zwischen den Spielern und dem X-Syndikat heiß umkämpft, denn nur wer ein Stadtgebiet kontrolliert, kann dessen Vorteile zu seinen Gunsten nutzen. Jeder Zug im Online Spiel von Mister X will daher gut überlegt sein.