Mit der Einführung des Handelssystems ist ein wichtiger Meilenstein im Hinblick auf die Finalisierung von ANNO Online erreicht. Der Titel führt das aus der preisgekrönten ANNO-Serie bekannte, detaillierte Wirtschaftssystem fort und lädt Spieler dazu ein, ihre eigenen blühenden Metropolen zu erbauen und zu verwalten.

Benötigte Gebäude
Um Handel (sowohl Ein- als auch Verkauf) betreiben zu können, benötigt der Spieler ein Handelslager, welches auf einen freien Pier Platz gebaut werden muss. Jedes Handelslager hat seine eigene Kapazität, die durch den Ausbau des Gebäudes gesteigert werden kann. Die Kapazität bestimmt die Menge an Waren die der Spieler handeln darf. Hat der Spieler (mindestens) ein Handelslager gebaut, bekommt er durch einen Klick auf den Kontor alle gebauten Handelslager, im Gebäudeinterface des Kontors aufgelistet, inklusive deren Kapazität und aktuelle Nutzung (Kauf, Verkauf, frei).
Jedes Handelslager kann nur einen Handel betreiben.

Benötigte Schiffe
Für den Handel ist ein spezieller Kapitän notwendig, der dem Spieler Überseefahrten zu fremden Zonen ermöglicht.

Ablauf
Nimmt ein Spieler das Angebot eines anderen Spielers an (Anmerkung: es können auch Teilmengen der angebotenen Waren gekauft werden), beginnt das im Kaufprozess gewählte Schiff (Der Käufer ist immer für den Transport der Waren verantwortlich) die Waren beim Verkäufer abzuholen. Sind mehr Waren gekauft worden als das Schiff transportieren kann, fährt es solange zwischen der Insel des Verkäufers und der eigenen hin und her, bis alle Waren abgeholt sind.
Die Waren werden im Handelslager des Käufers zwischengelagert und können durch einen Klick auf das Handelslager auf das Insellager transferiert werden. Sind mehr Waren im Handelslager, als verbleibender Lagerplatz auf dem Insellager, wird nur die Menge transferiert, die noch in das Insellager passen. Der Rest verbleibt im Handelslager.  
Der Verkäufer bekommt bei jeder Abholung von Waren die dafür zu zahlende Menge an Goldmünzen gutgeschrieben. Die Goldmünzen werden im Handelslager zwischengelagert und können per Klick auf das Spielerkonto transferiert. Sind mehr Münzen im Handelslager, als verbleibender Lagerplatz auf dem Spielerkonto, wird nur die Menge transferiert, die noch in das Insellager passen. Der Rest verbleibt im Handelslager.

Ein Handelslager kann erst wieder verwendet werden, der Handel beendet ist und keine Münzen oder Waren im Handelslager gelagert sind.